功能性消化不良病因研究已经多年，主要认为与胃排空延缓、胃容受性舒张能力下降及内脏敏感性增强有关。近年来，发现感染因素、精神心理因素、遗传易感性和某些胃肠激素与功能性消化不良的发病密切相关。

一、感染因素与功能性消化不良的关系研究资料显示，治疗幽门螺杆菌以后，部分病人的消化不良症状会有所改善，推测幽门螺杆菌感染可能与功能性消化不良的发病有关。临床研究也发现，部分患者在急性胃肠炎后长期消化不良，称为感染后功能性消化不良(PIFD)。

二、精神心理因素与功能性消化不良的关系消化不良与心理因素、精神障碍有关，功能性消化不良病人的焦虑发病率很高，心理因素虽然不能完全解释功能性消化不良的发生，也不是诊断功能性消化不良的必需条件，但是却认为是功能性消化不良患者疾病体验和疾病行为的重要调节因素，并可能终影响临床预后。

三、遗传易感性与功能性消化不良的关系某些遗传因素使得一些个体容易患功能性消化不良，遗传因素可能通过多种途径来影响疾病。

四、胃肠激素与功能性消化不良的关系许多胃肠激素均与功能性消化不良的发病有关。目前研究发现，胆囊收缩素(CCK)及5羟色胺(5-HT)与功能性消化不良的发病关系密切。